50%以上的非淋菌性尿道炎是由衣原菌引起的，其潛伏期7~14天，甚至長達六星期。 男性─排尿時搔癢感、灼熱感、微痛、併發攝護腺炎、副睪丸炎、尿道狹窄、大部份男性尿道症狀較明顯，10%~20%無症狀。 女性─陰道分泌物多、呈黃色、小便灼熱感、頻尿、陰部悶痛、小腹發脹、自覺症狀較少，約80%無症狀。可併發骨盆腔炎、不孕症，如懷孕期間感染，引起流產、早產、死胎的機會很高。
菜花就是"濕疣"是一種濾過性病毒感染
濕疣的潛伏期3-8個月，依其形狀分為尖型濕疣與扁平濕疣，單株約1-4mm大，可能群集出現，出現部位在會陰，陰莖，陰囊，外陰，肛門及尿道。依據目前的研究，感染HPV 6,11型，多半只出現濕疣的症狀，感染HPV 16,18,31,42型，
容易產生外陰癌前病變，感染HPV 6,11,16,18,31,33,35型，容易產生子宮頸癌前病變，感染HPV 16,18,31,33,35型，容易侵犯
子宮頸扁平上皮細胞，產生子宮頸癌前病變。根據一項研究，感染HPV types 16,18的病人，有40%可在24個月內，發生CIN(子宮頸癌零期)。目前所知，與其他生殖器癌症或許也有關係。
皰疹
[臨床症狀] 一般感染後，有可能沒有症狀，而由脫落的皮屑組織傳染， 若有症狀，一般潛伏期為2-12天，然後男生在陰莖上(或是龜頭， 冠狀溝，尿道，會陰部)，女生在陰蒂，尿道口，陰唇內外，子宮頸 及會陰部出現群集的水泡，很快水泡破裂，會產生非常疼痛的潰瘍， 約兩星期會消失，整個痊癒約需15-20天。沒有症狀時亦會由會陰部或 生殖器上脫落的皮屑組織傳染。由於個人免疫力，環境等因素的影響， 皰疹的臨床症狀出現的時間，病程長短，都會有不同，沒症狀不代表 沒感染。感染過的人，一年再復發五六次的都很常見，復發前，通常 會有，搔癢，疼痛的現象。由於身體或多或少都會出現一點免疫作用， 復發時的症狀，可能會比較輕微，痊癒也會比較快些(10天)。一般在 壓力大，疲倦，月經來時，生病時，懷孕時比較容易復發。 新生兒若有感染，出生24小時後，一般除皮膚，口腔，眼睛黏膜均 可能出現水泡，出生七至十天，容易發生肺炎，肝功能異常， 凝血異常，腎上腺異常，然後十天至一個月左右出現腦膜炎的現象， 死亡率很高。
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